La Universidad Nacional Intercultural de la Amazonía fue creada en el año 1999 por Ley Nº 27250, siendo resultado de la reivindicación de los pueblos amazónicos, liderado por la Asociación Interétnica de la Selva  Peruana – AIDESEP, para que los jóvenes indígenas tuvieran la oportunidad de acceder a una formación universitaria en las diferentes carreras profesionales, fijándose la sede de la Ciudad Universitaria en el terreno ocupado por el Instituto Lingüístico de Verano, ubicado en el Distrito de Yarinacocha, Provincia de Coronel Portillo, Región Ucayali.

El CONAFU, mediante Resolución Nº 228-2003 (15/12/2003), otorga el  funcionamiento a la UNIA con personería jurídica de derecho público, para brindar servicio educativo universitario a través de las Carreras Profesionales de Educación Inicial Bilingüe y Educación Primaria Bilingüe. En el 2005-I se convocó al primer Proceso de Admisión, iniciándose así las actividades académicas en la UNIA.

Con la adecuación de las carreras profesionales al régimen de Facultades, autorizado por la CONAFU, mediante Resolución Nº 379-2011-CONAFU, del 27 de julio del 2011, actualmente cuenta con la Facultad de Ingeniería y Ciencias Ambientales,  que comprende  las Carreras de Ingeniería Agroforestal Acuícola e Ingeniería Agroindustrial; y la Facultad de Educación Intercultural y Humanidades conformada por las Carreras de Educación Inicial Bilingüe y Educación Primaria Bilingüe; asimismo reconoce a los cinco Departamentos Académicos que prestan servicios a las carreras profesionales, siendo los de: Agroforestal Acuícola, Agroindustrial, Ciencias, Humanidades y Pedagogía Intercultural.

El 25 de febrero del 2016, la Universidad Nacional Intercultural de la Amazonía (UNIA), presento ante la Superintendencia Nacional de Educación Superior Universitaria (SUNEDU), la documentación para el Licenciamiento definitivo de la UNIA. Al lograr el mencionado licenciamiento la UNIA podrá definir en forma autónoma, las políticas y estrategias de desarrollo de la institucionalidad académica y administrativa. Así mismo la UNIA podrá promocionar nuevas carreras profesionales de acuerdo a las exigencias de la sociedad para el desarrollo sostenible de los pueblos de la Amazonía.