El Vicerrectorado de Investigación es el órgano rector del sistema de investigación científica, desarrollo tecnológico e innovación de la Universidad Nacional Intercultural de la Amazonía. En donde se gestionan proyectos con altos niveles de desempeño y de impacto social, orientados a los desafíos actuales y futuros que demanda el país en el contexto intercultural. Con el apoyo de fuentes de financiación, los docentes y estudiantes colaboran con investigadores de las facultades, cuyo trabajo ha aparecido en las principales revistas y ha recibido prestigiosas subvenciones.
